Ortodoks Rumların en kutsal mekanıdır. İstanbul’un fethinden kısa bir süre sonra Çarşamba’daki Pammakaristos Kilisesi’ne (Fethiye Camii) yerleşen ve 1586’dan sonra Fener’deki bazı kiliseleri dolaşan Patrikhane 1601 yılında şimdiki yerine yerleşmiştir. Ancak bugün görülen ana bina 1940’lardan kalma, Osmanlı mimari tarzında yapılan ahşap kaplamalı yapıdır.
Üçlü bir kapıdan girilen patrikhanede basamaklardan yukarı doğru çıkıldığında ana kapıya ulaşılır. Ana kapı, 1821 yılında idam edilen Patrik V.Grigorios ve üç metropolitin anısına kapalı tutulmaktadır. Girişler sol taraftaki kapıdan yapılır. Bu kapıdan 1700’lerde bazilika tipinde inşa edilen Aya Yorgi kilisesine geçilir.
Sadrazam Ali Paşa Cad. Fener