Kuşadası'nın adını verdiği Kuşadası Körfezi ve yakın çevresi, sanat ve kültür merkezleri olarak, ilk çağlardan beri birçok farklı medeniyete ev sahipliği yapmış. Kuşadası'nın ne zaman ve kimler tarafından kurulduğu kesin olarak bilinmiyor. Fakat kimi kaynaklarda Kuşadası yakınında Yılancı Burnu denilen yerde, Efes'e bağlı Neopolis ismi ile İyonlar tarafından kurulduğu şeklinde bilgiler mevcut.
MÖ 3000 yıllarında Lelegler; MÖ 11. yüzyılda da Aeolyalılar; MÖ 9. yüzyılda İyonlar bölgeye hakim olmuşlar. Büyük Menderes ve Gediz Irmakları arasında kalan bölge, antik çağlarda İyonya adını almış. Tüccar ve denizci olan İyonlar denizaşırı ticaret sayesinde kısa zamanda zenginleşmiş ve üstün bir politik güce sahip olmuşlar. Tarihte "İyon Kolonileri" adını alan 12 şehir kurmuşlar.
MÖ 546'da başlayan Pers hakimiyeti, MÖ 334'te Makedonyalı Büyük İskender'in tüm Anadolu'yu ele geçirmesine kadar devam etmiş. Bundan sonra Anadolu'da Yunan Medeniyeti ile yerli Anadolu Medeniyeti’nin sentezi olarak yepyeni bir çağ, yepyeni bir sanat ve kültür anlayışı hakim olmuş ve bu çağ "Helenistik Çağ" adı ile anılmış. Efes, Milet, Priene ve Didim bu devrin en ünlü şehirleri.
MÖ 2. yüzyılda Romalılar yöreye egemen olmuşlar. Ada, Bizans çağında "Ania" adı ile anılmış. Kuşadası, Ortaçağda korsanlar tarafından kullanılan bir liman halini almış. 15.yüzyılda, Venedikliler ve Cenevizliler zamanında şehir yeni adı "Scala Nuova" diye anılmaya başlamış.
1186'da II. Kılıç Aslan'ın bölgeyi Selçuk Devletine katmasıyla Türk egemenliği başlamış. Bölge, bu devirde kervan yollarının Ege'ye açılan bir ihraç kapısı olmuş. Selçuk Devleti’nin yıkılmasından sonra bölgede Beylikler devri başlamış.
Kuşadası, 1413 yılında 1.Mehmet(Çelebi) tarafından Osmanlı egemenliğine katılmış. Bu tarihten sonra, şehir tamamen Türklerin elinde kalmış ve Türklerin yaptığı eserlerle dolmaya başlamış.