Kazılar sonucunda MÖ 3200'den, MS 4. yüzyıla kadar ki dönem içerisinde 9 kültür katı ve bu katlar içerisinde toplam 46 yapı katı tespit edilmiş. Yapılan kazılar sonucu 9 kültür katı saptanmış ve kırktan fazla yerleşme evreleri ortaya çıkarılmış.
TROYA I (MÖ 3000 - 2500)
10 evreden oluşan bir katman. Erken Bronz Dönemi'nin ilk yerleşmelerinden. Küçük bir alanı kaplayan kentin, çağdaşlarından çok daha gelişmiş olduğu saptanmış.
TROYA II (MÖ 2500 - 2200)
Kent planlaması gösteren ilk yerleşmelerden. Troya I'den daha geniş bir alana yayılmış. Bu katman yedi evreden oluşmakta.
TROYA III (MÖ 2200 - 2050)
Daha geniş bir alana yayılan kent yine surlarla çevrilidir. Yerleşme planı daha düzensiz bloklardan oluşmuş.
TROYA IV (MÖ 2050 - 1900)
III. Yerleşme üzerine kurulan bu kat 17.000 m2'lik bir alana yayılmış. Kazılarda beş evre saptanmış.
TROYA V (MÖ 1900 - 1800)
Hem yapı, hem duvar tekniğinde belirgin bir gelişme görülmekte. Duvarlar ince ve düzgün görünümlü.
TROYA VII a (1300 - 1260)
Kazılar sonucu kale kentin kuzey doğusunda çok sayıda ev kalıntısı ortaya çıkarılmış. Bunlar iç içe, aceleyle kurulmuşçasına, özensiz, kaba yapılar.
TROYA VII b (MÖ1260 - 1190)
VII a'nın 0,50-1 m. üstünde kurulmuş. Bir önceki dönemin plan yapısı belirgin.
TROYA VIII (MÖ 700 - 350)
Uzun süre yaşamın görülmediği yörede, Greklerle birlikte yeniden bir canlanma izlenmekte.
TROYA IX (MÖ 350 - MS 400)
Troyalıları ataları sayan Romalılar kente önem vermişler. Yenilenme sırasında Troya VI ve VII'nin önemli yapıları yok edilmiş. Dönemin en önemli yapısı Athena Tapınağı. Bu dönem yapıları arasında meclis, tiyatro ve belediye sayılabilir.